十三岁的魔女琪琪，在一个晴朗的满月之夜，带着黑猫吉吉至别的城市修行。魔女到了十三岁就必须自立，可是琪琪只稍微懂得骑扫帚的法术，让父母颇为担心。
    琪琪兴奋地飞着，途中邂逅一位即将修业完成的魔女前辈，谈到了特长的事。忽然轰隆一响，琪琪竟然遇上暴风雨，眼前只见一列货运火车，她二话不说就钻进了去。湿淋淋的身体加上长途飞行的疲惫，不一会儿就睡着了。
    突然一阵急痒，琪琪从睡梦中惊醒，原来是底下的牛在舔脚，探出头看看，已经到了她心目中向往的海边。琪琪飞往海边的大城市，海鸥在一旁飞翔。看到一座美丽的钟塔，琪琪不知不觉爱上了这座城市。向钟塔飞去，与看守钟塔的老伯伯打了声招呼，确认这座城市还没有魔女，琪琪决定住下来了。
    琪琪在街上愉快地飞着，却意外地造成交通事故，被警察拦了下来。一位名叫蜻蜓的男孩帮助她溜开，但琪琪却因无法忍受他那随便的态度而飞走了。
    由于没有身分证，琪琪不能住旅馆，原本准备另觅一座城市，后来替面包店的老板娘欧思娜送奶嘴而受她的热情招待。怀着身孕的欧思娜太太很喜欢琪琪，在得知琪琪没有住处后，就让她住了下来。
    琪琪在此开始她的新生活。由于没什么专长，她只好开快递公司，其余时间便在店里帮忙。
    打扫房间过后，琪琪上街采买生活用品。遇见穿着美丽衣裳的女孩们，琪琪羡慕不已。回程看到橱窗中一双美丽的红鞋，却再次碰到了蜻蜓，琪琪生气地走开了。
    甫进家门，就有第一位客人拜托送生日礼物，那礼物竟是与吉吉长得一样的猫玩偶，装在一个鸟笼中。欧思娜和蜻蜓目送琪琪出门。琪琪在飞行途中遇到一群野雁，吉吉听到野雁说有大风，琪琪一个不小心，被风吹离了航道，鸟笼掉到森林中，落在乌鸦巢旁。她被乌鸦误认为偷蛋贼而赶了出来，却发现猫玩偶不见了，回头找又遭乌鸦的攻击。琪琪没法子，只好让吉吉暂时充当猫玩偶。
    琪琪将东西送达目的地后，赶紧回森林找寻失落的玩偶，结果在一间小木屋中找到了。屋子的主人是一位女画家，正在描摹乌鸦。归还时却发现玩偶的颈部被乌鸦咬破了，她们便交换条件，琪琪负责打扫房子，画家则负责缝补。天色渐渐暗了下来，琪琪回去解救吉吉，过了疲累却充实的一天。
　

    翌日下午，琪琪在店里打着瞌睡，终于有送东西的客人上门。琪琪看着地图，蜻蜓却送了飞行俱乐部舞会的邀请函来，使琪琪相当兴奋。琪琪应客人的要求来到一位夫人家，夫人想送鲱鱼南瓜派至孙女的舞会，但因电烤箱失灵而烤不好。夫人坚持付钱给琪琪，琪琪不好意思，看还有一点时间，便使用一旁的旧式烤箱。没想到夫人家的钟慢了 10 分钟，琪琪赶紧上路，出门时天空已是乌云密布，没多久就下起雨来。琪琪冒雨送东西至舞会，孙女却一副嫌恶貌，并气冲冲地关上大门。蜻蜓在面包店门口等着，因时间太晚终于走了。琪琪默默地回家，到房内倒头就睡。 琪琪患了重感冒，在欧思娜妥善地照顾下康复了。吉吉也认识了新朋友白猫莉莉小姐。欧思娜拜托琪琪送东西给可坡里先生，却遇到了蜻蜓，更没想到他就是可坡里，他们成了好友。蜻蜓给琪琪看新完成人力飞机的主体，是一辆脚踏车加上螺旋桨。蜻蜓载琪琪至海边看飞行船，路上差点出车祸，却发现脚踏车飞起来了！结果螺旋桨解体，脚踏车也摔烂了。他们俩坐在海边望着飞行船聊天，蜻蜓的朋友开车来问他要不要参观飞行船，琪琪却因而吃醋走了。
    琪琪提不起劲，孤单地过了一整天，突然发觉她听不懂吉吉的话了。琪琪大惊之下，马上抓起扫帚飞行，可是法术变得好弱喔 ...... 她努力要恢复，却不小心把扫帚弄断了。她十分沮丧，挂了蜻蜓打来的电话，重作新的扫帚。一天，画家来到她家拜访，看琪琪无精打采，提议到小木屋住一晚。到了小木屋，琪琪看到一幅天马行空的画，画家请琪琪当画中主角的模特儿。她们谈到画画和法术的心路历程，琪琪颇有感触。
    隔天琪琪打电话回面包店，欧思娜说上次的夫人又找她了，她便在回程时去一趟。夫人送琪琪一个蛋糕，感谢上次她的帮忙，琪琪深受感动。当时电视正在转播飞行船起飞，却因一阵暴风出了意外，固定的绳索被吹掉，飞行船像个气球般飞了上去，绳索将蜻蜓和一辆警车一起拉上去。琪琪立刻去现场看情况。过了一会儿警车掉了下来，蜻蜓更显得岌岌可危。琪琪向旁边的老伯伯借了一把刷子，冲向飞行船。飞行船随风飘荡，撞到了钟塔。钟塔的老伯伯想帮蜻蜓的忙，可惜没有成功。眼见蜻蜓快要撑不住，琪琪在千钧一发之际救了蜻蜓，现场欢声雷动，在电视机旁琪琪的朋友们都高兴极了， 欧思娜却在此时要生产了！面对记者的采访，蜻蜓显得十分兴奋，琪琪仅偎着吉吉微笑。
片尾
    蜻蜓试航人力飞机，琪琪在一旁骑着刷子，蜻蜓的朋友们在地上向他们招手。欧思娜生了小 baby ，莉莉也生了小猫咪。琪琪与大家成了好友，更妙的是在琪琪欣赏橱窗美丽的服饰时，却看到有小朋友模仿她的服装呢！琪琪写信回家，说她开始有信心了，很喜欢这个城市。

【1 琪琪所在的城市科里克 】

   据宫崎骏所说，那是“一个大混居的地方，就像那不勒斯、里斯本、斯德哥尔摩、巴黎，甚至是旧金山。所以城市的一边好象是濒临地中海，而另一边则与波罗的海相临”。宫崎骏和他的主力助手访问了瑞典哥特兰岛西岸的维斯比和斯德哥尔摩，收集了当地影象作为创作科里克的灵感。总的看来，科里克是斯德哥尔摩式的。斯德哥尔摩旧城区就是一个原型。

【2 片中的in-jokes】

   琪琪在卧室里和爸爸告别那一幕，她的书架上放着一个玩具小屋，小屋窗户上画的就是小梅和小龙猫；琪琪的床上还放着一个挺像龙猫的绒毛玩具；琪琪第一次到科里克差点被公共汽车撞到那一幕，公共汽车的一侧竟写着“吉卜力工作室”；琪琪被警察盘问那一幕，这辆写着“吉卜力工作室”的公共汽车也出现在了琪琪背后。

    在结尾，清洁工指着电视屏幕说“她用的是我的扫帚”那幕，宫崎骏就在画面的右上角旁观呢！但是在摇摄扫描版（比如迪斯尼的 VHS 版）中这已经看不到了。

【3 原书作者的看法 】

   据说角野荣子 对宫崎骏的改编很不满意。书是插话性质的，琪琪在运送过程中遇到的各种人、各种小插曲都写了进去。琪琪身上也没有发生一些不好的或者戏剧性的故事。书中的她既没有失去过魔法，也没有遇到事故。宫崎骏做了这些改动，是因为他需要一个能够支撑整部影片的故事，他要讲述一个关于成长经历的故事。他这样写到：“由于电影要传达的是更真实的感觉，所以这里的琪琪比原书中要经受更大的挫败感和孤独感。只有克服了这些挫败感和孤独感，她才能真正的成长起来。据说 角野荣子 对这些改编的强烈不满差点导致影片在剧本阶段就搁浅。宫崎骏和铃木敏夫（吉卜力工作室的制片人）亲自去她家中拜访，又把她请到工作室商讨，最终才劝得她让步。

【 4 其他相关 】

 本片取材于儿童读物《魔女宅急便》（作者：角野荣子，插画：林明子) 。 这本书还有续集《魔女宅急便 2 ：琪琪和她的新魔法》（作者角野荣子，插画野多珂子 ).这本书写成在电影之后。 书名中的“新魔法”是指在故事的后半部分，琪琪回家探亲（她已“实习期”满），学会了妈妈的制药方法。之后她又回到了科里克。